Investigating Gene- and Pathway-environment Interaction analysis approaches

Abstract

Les analyses par pathway permettent d’augmenter la puissance statistique en combinant les signaux au niveau des SNPs pour définir des associations au niveau du gène et/ou du pathway. Dans cette étude, nous proposons d’adapter deux méthodes d’analyse par pathway, la méthode de Fisher (FM) et la méthode ARTP (Adaptive Rank Truncated Product), pour l’analyse des interactions gène-environnement (GxE) au niveau du gène et au niveau du pathway. Il a été précédemment suggéré que les procédures de permutations habituellement utilisées pour estimer la significativité de ces tests ne sont pas appropriées pour l’analyse des interactions GxE et devraient être remplacés par une approche Bootstrap. Ainsi, nous analysons et comparons dans une étude de simulation les performances de l’extension des méthodes FM et ARTP en utilisant une procédure de permutation et une méthode de Bootstrap paramétrique. Ces méthodes sont également appliquées aux données de l’étude cas-témoins CECILE sur les cancers du sein dans laquelle nous avons analysé l’interaction entre le travail de nuit et les polymorphismes des gènes circadiens dans le risque de cancer du sein. La méthode ARTP adaptée aux interactions GxE donne des résultats prometteurs. Un package R PIGE a été développé et est mis à disposition sur le CRAN.